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• Aboca Museum
• Acquario Comunale "Diacinto Cestoni"
• Arboreto Storico e Museo Forestale "Carlo Siemoni"
• Centro di Scienze Naturali di Galceti
• Centro Espositivo di Scienze Naturali
• Collezione "Fausto Casi: storia dei mezzi di comunicazione"
• Collezioni Paleontologiche e Paletnologiche dell'Università degli Studi di Pisa
• Ecomuseo della Montagna Pistoiese - Centro Naturalistico Archeologico della Montagna Pistoiese
• Gruppo Mineralogico e Paleontologico di Fornaci di Barga
• Mostra permanente "La produzione vetraria a Gambassi"
• Museo Anatomico dell'Università degli Studi di Firenze
• Museo Anatomico "Leonetto Comparini" dell'Università degli Studi di Siena
• Museo Botanico dell'Università degli Studi di Pisa
• Museo Civico
• Museo Civico di Scienze Naturali e Archeologia della Valdinievole
• Museo Civico Paleontologico
• Museo Civico per la Preistoria del Monte Cetona - Parco Archeologico-Naturalistico di Belverde
• Museo Civico Zoologico di Capannoli - Villa Baciocchi
• Museo dei Minerali Elbani "Alfeo Ricci"
• Museo del Lavoro e della Civiltà Rurale di San Gervasio
• Museo del Mare - Istituto di Biologia ed Ecologia Marina
• Museo del Minerale
• Museo del Paesaggio Storico dell'Appennino di Moscheta
• Museo della Mineralogia e della Geologia dell'Isola del Giglio
• Museo della Miniera
• Museo di Anatomia e Istologia Patologica dell'Università degli Studi di Pisa
• Museo di Anatomia Patologica dell'Università degli Studi di Firenze
• Museo di Anatomia Umana del Dipartimento di Morfologia Umana e Biologia Applicata dell'Università degli Studi di Pisa
• Museo di Arte e Storia delle Miniere
• Museo di Fucecchio
• Museo di Malacologia Terrestre
• Museo di Paleontologia
• Museo di Storia Naturale del Mediterraneo
• Museo di Storia Naturale della Lunigiana
• Museo di Storia Naturale della Maremma
• Museo di Storia Naturale dell'Accademia dei Fisiocritici
• Museo di Storia Naturale di Firenze - Sezione di Antropologia ed Etnologia
• Museo di Storia Naturale di Firenze - Sezione di Botanica
• Museo di Storia Naturale di Firenze - Sezione di Geologia e Paleontologia
• Museo di Storia Naturale di Firenze - Sezione di Mineralogia e Litologia
• Museo di Storia Naturale di Firenze - Sezione di Zoologia ("La Specola")
• Museo di Storia Naturale di Rosignano Solvay - Associazione "Amici della Natura Rosignano"
• Museo di Storia Naturale e del Territorio di Calci
• Museo Fiorentino di Preistoria "Paolo Graziosi"
• Museo "I Minerali Elbani della Gente di Rio"
• Museo Nazionale dell'Antartide "Felice Ippolito" - Sezione di Siena, Scienze della Terra
• Museo Ornitologico
• Museo Ornitologico "Carlo Beni"
• Museo Paleontologico della Scuola Media "Alessandro Manzoni"
• Museo Paleontologico dell'Accademia Valdarnese del Poggio
• Orto Botanico Comunale di Lucca - Museo Botanico "Cesare Bicchi"
• Polo Museale di Villa Caruso Bellosguardo