Matematico e astronomo bolognese, si occupò anche di poesia e di questioni filosofiche. Studiò presso il convento dei Gesuiti a S. Lucia e nel 1692 si laureò in Diritto civile e canonico. Sotto la guida di Domenico Guglielmini (1655-1710) si dedicò allo studio della matematica e dell'idraulica interessandosi, contemporaneamente, all'astronomia. Designato lettore di Matematica nel 1699, fu chiamato a ricoprire, nel 1704, le cariche di Sovrintendente delle Acque del territorio bolognese e Prorettore del Collegio Pontificio Montalto. Fondatore, insieme al conte Ferdinando Marsili, della Specola dell'Istituto delle Scienze di Bologna (1712), si occupò del problema della parallasse annua delle stelle fisse, la cui risoluzione avrebbe fornito la prova definitiva della veridicità del modello eliocentrico. Purtroppo, il complesso trattato De annuis inerrantium stellarum aberrationibus (1729), che raccoglieva il frutto delle sue lunghe ed accurate osservazioni, giunse a pubblicazione troppo tardi, consentendo all'astronomo inglese James Bradley (1693-1762) di esporre, con qualche mese di anticipo, la corretta spiegazione del fenomeno grazie alla scoperta dell'aberrazione della luce stellare. Sicuramente condizionato da un clima culturale non ancora favorevole a sposare le nuove teorie eliocentriche, Manfredi mostrò grande cautela nei lavori successivi, come dimostrano alcune osservazioni riportate nelle Istituzioni astronomiche, raccolta delle sue lezioni di astronomia pubblicata postuma nel 1749. A Manfredi si deve anche la serie delle Effemeridi bolognesi, iniziate nel 1715 e continuate dai suoi successori fino al 1844. Per i suoi innegabili meriti in campo letterario e scientifico, fu nominato membro dell'Accademia della Crusca (1702), dell'Académie Royale des Sciences di Parigi (1726) e della Royal Society di Londra (1729).