Ingegnere e astronomo bolognese, fu allievo di Eustachio Manfredi (1674-1739). Già assistente presso l'Osservatorio di Bologna all'età di vent'anni, ne assunse la direzione alla morte del maestro, avvenuta nel 1739. Tra i più noti astronomi dell'epoca, Zanotti fu membro di numerose accademie italiane ed estere tra cui la Royal Society di Londra e l'Accademia delle Scienze di Berlino. Autore prolifico, effettuò numerose osservazioni sul Sole, la Luna, i pianeti e le comete. Tra le sue opere si ricordano uno tra i primi cataloghi stellari improntati a criteri moderni, del 1750, e i tre volumi di Effemeridi bolognesi redatte a partire dal 1751 in collaborazione con gli assistenti Petronio Matteucci e Gabriele Brunelli, oltre a molteplici studi di matematica e ingegneria idraulica.