Jacopo Mazzoni nacque a Cesena il 27 novembre 1548, seguì gli studi di lettere a Bologna e quelli di filosofia a Padova. Sostenuto da una memoria straordinaria, testimoniata dai contemporanei, si dedicò allo studio acquisendo una vasta erudizione.

Fece parte dell’Accademia della Crusca e di quella fiorentina. Gregorio XIII (1572-1585) l’avrebbe voluto presso di sé, e fece pressioni perché prendesse i voti, ma il Mazzoni preferì la toga alla tonaca. Fu professore all’Università, prima a Macerata e poi a Pisa, dove insegnò filosofia dal novembre 1588 alla fine dell’anno scolastico 1596-97, venendo in contatto nei primi anni con Galileo, allora giovane collega di matematica. Nacque una cordiale amicizia; Galileo indirizzò proprio a Jacopo Mazzoni, il 30 maggio del 1597, una lettera in cui, oltre a esprime il proprio giudizio sull'opera del cesenate In universam Platonis et Aristotelis philosophiam praeludia (Venezia, 1597), dichiarò di considerare l'opinione di Copernico (1473-1543) “assai più probabile” di quella tolemaico-aristotelica.

Jacopo Mazzoni fu chiamato all’Università La Sapienza di Roma nel 1597, ma poco dopo aver assunto la cattedra dovette accompagnare il cardinale Aldobrandini a Ferrara, e di là recarsi con una missione a Venezia. Al suo ritorno, ammalatosi, si fece trasportare a Cesena, dove morì il 10 aprile 1598.