Poco si sa del meccanico cui Galileo affidò il proprio laboratorio padovano, tranne poche notizie raccolte dalle carte galileiane e da sparsi documenti d’archivio. Figlio di Paolo Mazzoleni e di Marietta Bazi, apparteneva a una famiglia di orologiai. Il padre e lo zio Francesco avevano a Padova una nota bottega artigiana, che subì tristi sorti a causa di una lite fra i due. Mentre il fratello maggiore Mario, pluriaddottorato, incarnò il riscatto sociale della famiglia e tenne per trentasei anni la cattedra di Filosofia naturale allo studio di Padova, Marcantonio seguì le orme paterne: nel 1599 fu assunto da Galileo, trasferendosi a casa sua con moglie e figlia e restandovi per i quattro anni successivi. Traslocato poi altrove, continuò a lavorare per lui alla costruzione degli strumenti più disparati, compassi militari, compassi storti, squadre, bussole, e così via. Anche dopo il ritorno di Galileo a Firenze, il Mazzoleni mantenne rapporti con l’Università di Padova, e nel 1612 successe al padre Paolo come regolatore dell’orologio di Palazzo del Bo’, che ne è la sede, e del «sonar della medesima campana alla distesa per le lettioni». Artigiano di livello superlativo, non divenne però mai ricco e nel 1615 dichiarò all’estimo di avere come unica entrata fissa il ricavato della proprietà di alcuni terreni coltivati. Tenendolo da sempre in grande stima, Galileo ne chiedeva notizie ancora nel 1635, nell’intento di affidargli la costruzione di un compasso. Ma dovette venire a sapere dal Micanzio che il Mazzoleni era morto di peste nel 1632.