Celebre naturalista fiorentino, compì gli studi universitari a Pisa e a Bologna. Dopo la laurea si recò in Inghilterra, ai Royal Botanic Gardens di Kew, dove ebbe modo di conoscere, Charles Darwin (1809-1882) e James Brooke (1803-1868), il Rajah di Sarawak (Malesia). Fu grazie a questa conoscenza che Beccari, a soli 22 anni partì, insieme al naturalista genovese Giacomo Doria (1840-1913), alla volta della Malesia dove, in un triennio, raccolse numerosi campioni botanici e faunistici descrivendo, in particolare, oltre 130 specie di palme. Tornato a Firenze fondò, nel 1869, il Nuovo Giornale Botanico Italiano. Un secondo viaggio lo vide in Etiopia dove, nel 1870, prese parte all’acquisto della baia di Assab, il primo nucleo della futura colonia italiana d’Eritrea. Dal 1872 al 1875 fu in Nuova Guinea e in Indonesia, percorrendo territori ancora in buona parte inesplorati. Dopo un breve soggiorno in patria, dal 1877 al 1878 tornò nuovamente in Estremo Oriente, toccando l'India, la Malesia, l'Australia, la Nuova Zelanda e l'Indonesia. Al suo ritorno in Italia, nel 1878, fu nominato Direttore del Giardino dei Semplici di Firenze, carica che abbandonò l'anno successivo, pur continuando ad occuparsi delle collezione botaniche raccolte durante i suoi viaggi; queste furono pubblicate sulla rivista Malesia, raccolta di osservazioni botaniche intorno alle piante dell'arcipelago indo-malese e papuano (1877-1890), da lui stesso fondata. Il nome di Beccari resta, però, noto ai più soprattutto per il libro Nelle Foreste di Borneo. Viaggi e ricerche di un naturalista, edito nel 1902 e sin da subito tradotto in diverse lingue.