Nata nel maggio del 1822 come Società Scientifico-Letteraria, l'Accademia fu inaugurata ufficialmente il 30 dicembre dello stesso anno nell'Imperiale e Regio Liceo. L'anno successivo prese il nome di Accademia degli Euteleti, cioè degli uomini di buona volontà che perseguono un buon fine, ed ebbe come scopo principale la diffusione e lo sviluppo non solo del patrimonio letterario, ma soprattutto del sapere scientifico e degli studi legati allo sviluppo dell'agricoltura. Nei primi anni di vita contribuì alla diffusione della cultura toscana oltre i confini nazionali; la sua ricca Biblioteca e il suo Archivio ne conservano oggi memoria. Nel 1834 si fece promotrice di una "Società Tipografica" e dell'istituzione di una scuola infantile, secondo quanto riportato negli "Atti" della società. L'attività dell'Accademia fu interrotta con l'inizio delle Guerre di Indipendenza. Assurta al ruolo di Ente morale nel 1938, dedica parte della sua attività all'organizzazione di mostre e convegni di interesse scientifico.

Dal 1984 l'Accademia risiede nei locali di Palazzo Migliorati, residenza dei marchesi Migliorati, costruito nel secolo XIV e ristrutturato con l'attuale facciata all'inizio del Seicento. Un Museo specializzato documenta la storia della prestigiosa Accademia. Di notevole interesse storico la Maschera Funeraria di Napoleone Bonaparte, la cui riproduzione fu affidata al medico corso Antommarchi e al medico inglese Francis Burton.