La farmacia, inserita nella struttura del Monastero di Camaldoli, risale al 1513, anno in cui fu ricostruita dopo un devastante incendio del 1504. Tuttavia l'anno di fondazione sembra essere molto precedente alla data di ricostruzione. Risale al maggio 1048, infatti, il primo documento relativo all'Ospedale e all'annessa Farmacia di Camaldoli, distrutti entrambi nel 1276 e ricostruiti una prima volta nel 1331. La farmacia raggiunse notevole splendore nel corso del Seicento e del Settecento, ma, nel 1866, in seguito alla Legge di soppressione dei conventi del Governo italiano, cessò di essere attiva. Altra conseguenza della legge fu lo smembramento della biblioteca del Monastero. I preziosi manoscritti, fra cui alcuni codici greci e latini e numerosi rotoli, furono annessi alla Biblioteca Mediceo Laurenziana di Firenze e alla Biblioteca di Arezzo, mentre i libri a stampa furono collocati presso la Biblioteca Rilliana di Poppi.

La farmacia, che conserva intatti l'arredo e parte della dotazione, è divisa in due ambienti: la sala vendita e il laboratorio galenico. La porta in legno che conduce al locale di vendita presenta formelle simmetriche con intagli raffiguranti il calice e le colombe, simboli della comunità di Camaldoli. Gli scaffali della sala vendita in legno risalgono all'epoca della fondazione. Nelle cassettiere in prossimità del soffitto sono raffigurati in ovali i Santi Cosma e Damiano, protettori dei farmacisti. La dotazione è più recente, anche se nell'ambiente adibito a laboratorio si trova un ricco strumentario vitreo e ceramico e una consistente collezione di vasellame in rame. La parte più preziosa della dotazione vitrea è stata depositata nel 1867 al Museo Statale d'Arte Medievale e Moderna di Arezzo dove è ancora oggi esposta.

Oggi la farmacia ha ripreso a produrre alcuni dei suoi prodotti, per lo più sostanze aromatiche e liquori.