L'Arciconfraternita ha origine dalla Compagnia degli Oblati e Fratelli della Misericordia per i Poveri di Cristo, fondata a Siena nel 1250 e, dopo alterne vicende, soppressa nel 1785 in seguito ad un decreto del Granduca Pietro Leopoldo di Lorena. Nel 1835 l'Arciconfraternita di Misericordia di Siena fu affiliata a quella di Firenze. La collezione sanitaria della congregazione comprende interessanti barelle e lettighe del secolo XIX che testimoniano l'attivitą svolta dai Fratelli e le attrezzature di cui disponevano.