Il dotto arcidiacono Sallustio Bandini, che aveva raccolto nella sua casa una biblioteca aperta a tutti gli studiosi, donò, nel 1759, i suoi libri all'Università di Siena. In tale occasione la Biblioteca trovò una più consona collocazione nel Palazzo che già era stato sede dell'Accademia degli Intronati.

L'Accademia si era ufficialmente costituita nel 1525, con lo scopo di attendere alle arti, alle lettere e alla storia, e nel 1729 era stata trasferita nel salone attiguo alla Sapienza, oggi occupato dalla Biblioteca Comunale. Ancora attiva, l'Accademia si dedica alla promozione dello studio del patrimonio storico, artistico e letterario di Siena ed occupa la sede di Palazzo Piccolomini.

La Biblioteca degli Intronati divenne di proprietà del Comune durante il governo napoleonico, a seguito della soppressione dell'Università. Il suo patrimonio è composto da circa 500.000 volumi, tra cui 5.000 manoscritti e 1.000 incunaboli. Costituito da fondi privati e conventuali, comprende anche numerosi codici miniati, un ricco fondo di disegni e stampe, antichi documenti giuridici ed interessanti manoscritti e disegni concernenti la tecnica e l'ingegneria senese, nonché numerosi codici musicali.