Il Centro è stato istituito nel 1994, nell'ex Ospedale dei Trovatelli di Pisa, con il compito di conservare e valorizzare il patrimonio storico-scientifico di competenza dell'Azienda Ospedaliera Pisana. Al primo piano è esposta la ricca collezione di strumenti medici (circa 800 oggetti). La raccolta, proveniente dall'Ospedale di Santa Chiara, comprende ferri chirurgici, strumenti di diagnostica e di terapia databili a partire da metà Ottocento, come uno sfigmografo per la registrazione del polso arterioso, un aspiratore Potain per praticare la toracentesi (puntura evacuativa della cavità toracica) e un apparecchio di Forlanini per la cura del bacillo della tubercolosi. Il centro conserva, inoltre, i documenti coevi inerenti al nosocomio, tra cui gli inventari dell'Azienda Ospedaliera Pisana e la raccolta di cataloghi delle ditte costruttrici. Gli archivi più antichi sono, invece, conservati nell'Archivio di Stato di Pisa. L'attuale patrimonio documentario dell'Azienda Ospedaliera è stato recentemente informatizzato ed inserito in un database comprendente più di 12.000 documenti.