A seguito del lascito del Cardinale Niccolò Albertini, intorno al 1321 fu edificato un monastero per religiose domenicane. Fin dalla fondazione, l'istituzione svolse attività educativa. Non si hanno invece notizie storiche precise sulle origini della farmacia, ospitata in un vano un tempo adibito ad archivio, sul lato est del chiostro del convento. Sappiamo che era specializzata in ricette di preparati per malattie ossee ricavati da piante officinali. Sappiamo, inoltre, che doveva essere in funzione come farmacia conventuale già nel 1764, data leggibile nel cartiglio sopra alcuni sportelli del mobile a destra dell'ingresso. Gli armadi, realizzati appositamente per la farmacia, sono dipinti in azzurro e bianco, con sportelli scanditi da quaranta riquadri con scene di paesaggi in monocromo azzurro. Gli armadi posti sulla sinistra e di fronte all'ingresso sono più tardi e presentano affinità stilistiche con gli arredi dell'Ospedale Misericordia e Dolce, conservati nel Palazzo Pretorio di Prato. L'antica farmacia del convento, con il bancone originale in noce, conserva vasi e utensili risalenti al periodo compreso tra Seicento e Settecento, oltre ad esemplari di epoca precedente, vetrerie e maioliche Ginori.