Nel 1989 fu creato il Centro per la Conservazione e lo Studio degli Strumenti Scientifici con lo scopo di valorizzare gli antichi strumenti provenienti dal Gabinetto di Fisica Sperimentale pisano, che attualmente fanno parte del patrimonio del Dipartimento di Fisica dell'Universitą di Pisa. Il Centro si occupa del restauro degli strumenti e realizza mostre temporanee. Nel 1994 nacque anche il Museo Nazionale degli Strumenti per il Calcolo, gestito dalla Fondazione Galileo Galilei e destinato ad ospitare dal 2003 il Centro con le sue collezioni.

La raccolta di strumenti per il calcolo (circa 2.000 reperti) presenta dispositivi meccanici, elettrici ed elettronici, mentre la collezione di strumenti scientifici comprende oltre 600 strumenti relativi a varie discipline scientifiche (elettricitą, acustica, elettromagnetismo, astronomia, misura, ottica e meccanica). Termometri, macchine pneumatiche, bilance, orologi e strumenti astronomici testimoniano lo straordinario sviluppo delle scienze a Pisa e in Toscana tra il secolo XVII e la fine del XX. Tra i nuclei pił significativi, si segnalano gli strumenti di Carlo Alfonso Guadagni, primo docente di Fisica Sperimentale nell'ateneo pisano dal 1749 al 1795 e direttore del Gabinetto di Fisica di Lord Cowper a Firenze; la macchina pneumatica firmata e datata dal grande costruttore di Leida Jan van Musschenbroek; gli strumenti provenienti dall'antica Specola astronomica; gli strumenti ottocenteschi e il fondo del fisico Antonio Pacinotti, comprendente i cimeli, le macchine e la biblioteca (con manoscritti e carteggi). Recentemente ha avuto in dono un compasso galileiano del secolo XVII acquistato dalla Fondazione Cassa di Risparmio di Pisa.