L'Istituto nacque nel 1869 come sezione commerciale dell'Istituto di Marina Mercantile (poi Istituto Nautico). A partire dal 1873 iniziņ l'acquisizione di strumenti scientifici per uso didattico e la pubblicazione degli "Annali" dell'Istituto. Nel 1921, in seguito al passaggio degli istituti nautici al Ministero della Marina, l'Istituto Nautico di Livorno si separņ dal Commerciale. Il 28 ottobre 1928 fu inaugurata la nuova sede di via Chiarini, che č ancora oggi la sede della scuola.

La collezione didattica comprende strumenti da laboratorio (proiettori, apparecchi telefonici, elettrocalamite, un tubo di Newton, un polarimetro, bilance e apparecchi nautici) databili dagli anni Venti agli anni Sessanta del Novecento. La raccolta include anche 34 scatole didattiche, contenenti campioni relativi alla lavorazione di materie prime naturali, risalenti agli anni Cinquanta.