Il Museo si prefigge lo scopo di illustrare lo sfruttamento delle ricchezze minerarie dell'isola d'Elba dall'età preistorica all'epoca medievale. Partendo dai primi utensili in bronzo rinvenuti nel comprensorio elbano e passando per l'impianto siderurgico etrusco di III-II secolo a.C. recentemente scavato a San Bennato, l'esposizione prosegue con le testimonianze di epoca romana. A quest'ultimo periodo si riferisce la descrizione dell'attività dei minatori elbani fatta dall'erudito romano Plinio il Vecchio nella sua Historia Naturalis (XXXIII, 21, 70): «I minatori... cavano le montagne seguendo i cunicoli aperti per lungo tratto a lume di lucerna: uguale è il tempo della veglia e del riposo e per molti mesi non vedono la luce del giorno... le pietre... spezzano con martelli di circa 150 libbre e le trasportano sulle spalle notte e giorno, passandole nelle tenebre l'uno all'altro: solo così gli ultimi della catena intravedono la luce». Il percorso del Museo si conclude con lo studio della nascita di piccoli impianti siderurgici di epoca medievale, come quello recentemente scoperto sul Monte Serra.