Il Museo Civico, che dal 1912 ha sede nel medievale Palazzo Pretorio, costituisce la più antica istituzione culturale cittadina per storia e collezioni. Promosso dal Granduca Pietro Leopoldo di Lorena già nel 1788, con l'intento di creare una "scuola del gusto" per i futuri artisti, fu inaugurato nel 1858 nel vicino Palazzo Comunale.

Il Museo presenta alcuni grandi capolavori della stagione trecentesca, dipinti rinascimentali, opere del Seicento e Settecento, disegni ottocenteschi, opere plastiche dei della Robbia, sculture del pratese Lorenzo Bartolini e oggetti appartenenti alla produzione delle arti minori (ceramiche settecentesche, armi risorgimentali, costumi dei Gonfalonieri).

Nonostante il Museo abbia essenzialmente rilevanza storico-artistica, è di particolare interesse anche sotto il profilo storico-scientifico per la presenza della collezione appartenuta alla farmacia dello Spedale della Misericordia e Dolce.

Secondo alcuni storici, come il Pedrazzini e il Fracassini, la farmacia doveva esistere già a partire dal secolo XIII. Nel 1545 fu ricostruita con statuto di officina farmaceutica. Cessata l'attività verso la fine del secolo XIX, fu ricostruita nel 1933 in una sala trecentesca del Palazzo Pretorio di Prato, grazie all'opera del farmacista Tommaso Fracassini. L'arredo è costituito da un armadio in legno dipinto in azzurro con decori a rombi e profilature bianche. La collezione farmaceutica è composta da numerosi vasi in maiolica decorata, di varie forme, realizzati in parte dalla Manifattura Ginori di Doccia nel secolo XVIII. I vasi riportano i nomi dei più diffusi medicamenti. Fanno parte della collezione anche quattro scatole di legno dipinte con scritte di farmaci e dodici vetri.

Il Museo è temporaneamente chiuso per restauro, ma gli oggetti più significativi della collezione sono stati trasferiti presso il Chiostro di San Domenico (sede del Museo di Pittura Murale).