Ospitato nell'ex locale pompe della Palazzina della Pro Loco, il Museo della Mineralogia e della Geologia dell'Isola del Giglio è stato inaugurato l'11 agosto del 2004.

Il percorso espositivo si divide concettualmente in tre settori dedicati rispettivamente alla nascita dell'isola, alla sua componente geo-mineralogica e, infine, alle attività estrattive legate in particolar modo al ferro e al granito. La maggior parte degli oggetti esposti proviene dalla collezione del mineralogista fiorentino Alessandro Fei che, tra gli anni Settanta e gli anni Novanta del secolo scorso, raccolse circa 500 campioni di minerali, in parte trovati personalmente sull'isola, in parte reperiti in occasione di mostre. Grazie a questo e ad ulteriori acquisizioni il Museo vanta, oggi, una delle collezioni più complete di specie mineralogiche appartenenti all'Isola del Giglio. Tra i pezzi rari si possono annoverare esemplari unici al mondo di tormalina nera di forma discoidale e cristalli di galena con habitus tabulare. Fotografie storiche mostrano alcune delle località mineralogiche oggi scomparse.