Anche se la fondazione della Certosa di Pisa risale al 1366, le eleganti forme che oggi ammiriamo sono dovute prevalentemente a successive fasi di ampliamento e ristrutturazioni avvenute soprattutto a partire dal terzo decennio del Seicento. Impreziosita da sontuosi apparati decorativi realizzati tra XVII e XVIII secolo da valenti artisti, la Certosa pisana divenne meta privilegiata della corte granducale. All'interno del percorso museale, che si snoda lungo i suggestivi ambienti della Certosa, si trovano anche elementi di indubbio interesse scientifico, come l'antica spezieria e l'ingegnoso apparato idraulico.

La farmacia, fondata nel 1643 sul lato destro della Certosa, fu spostata, nel 1703, nell’edificio di ingresso del monastero per consentire l'accesso alla popolazione del territorio circostante. Nel 1795 fu rinnovata con arredi lignei, realizzati dal pisano Pasquale Matteucci, e con una decorazione del soffitto che presenta ornati e figure allegoriche, come l'Allegoria della Medicina dipinta da Niccolò Matraini. Dal 1799 al 1875 fu gestita dalla famiglia Viola e nel 1906 cessò l'attività. L'arredo originale è stato restaurato nel 1931, come è indicato in un angolo degli scaffali in legno di olivo disposti alle pareti della sala vendita. Per le eleganti decorazioni, esso costituisce un unicum di grande pregio. Della fine del secolo XIX sono gli ornati e le iscrizioni della sala d'aspetto attraverso la quale si accede alla sala vendita e al laboratorio. La Spezieria presenta una collezione di vasi per conservare medicinali, distillati e sciroppi prodotti dai monaci.

Di pari importanza, per l'economia della Certosa, dovette essere l'apparato idraulico, ancora parzialmente funzionante. Esso, infatti, attraverso un complesso sistema di canalizzazione, convogliava le acque, destinate ad usi diversi (approvvigionamento di acqua potabile, irrigazione, itticoltura), in sei vasche e due fonti, mentre un breve tratto di acquedotto alimentava la forza motrice di un mulino. Per ovviare a periodi di magra, infine, due cisterne raccoglievano acqua piovana.