Situato in un settore dell'antica chiesa di San Pietro all'Orto (1197), il Museo, unico nel nostro paese, illustra l'evoluzione tecnologica, stilistica e di gusto degli strumenti a tastiera (dal clavicembalo al pianoforte), con particolare riguardo alla produzione di eccellenza italiana. Tra gli strumenti esposti vi sono dieci organi meccanici di fabbricazione italiana, datati dal 1680 al 1839, tra cui si segnalano, per raritą, un organo portativo di Carlo Traeri del 1686 e un organo positivo di Agostino Traeri del 1756. Sono, inoltre, conservati sei strumenti a tastiera (un clavicembalo, tre fortepiani e due pianoforti) del periodo che va dal secolo XVII al 1904. Il percorso espositivo presenta, inoltre, dispositivi per mantenere il buon funzionamento degli antichi strumenti.

Aperto dal giugno del 2003, il Museo deve la sua creazione alla Fondazione Museo Santa Cecilia di Massa Marittima, istituitasi un anno prima. Dedita alla valorizzazione degli antichi ambienti museali e alla diffusione della musica classica, la Fondazione organizza eventi musicali in cui č possibile ascoltare le timbriche degli antichi strumenti esposti, fatti suonare, per l'occasione, dalle mani esperte di pianisti internazionali.