Dopo un lungo periodo di chiusura a causa di furti, il 7 dicembre 2002 č stato inaugurato il nuovo Museo della Verna, che testimonia l'arte, la storia e la vita monastica nel Santuario, in un percorso che si snoda in varie sale fino alla stanza del "fuoco comune", nella quale la comunitą si riuniva ogni sera.

Il percorso museale comprende l'Antica Farmacia, istituita nel 1549 a spese di Cosimo de' Medici e di sua moglie Eleonora di Toledo, oggi ricomposta in un ambiente situato all'interno del Santuario. Gią nel secolo XVII i prodotti della farmacia erano famosi, tanto che gli speziali del monastero vi praticavano un periodo di tirocinio prima di passare alla spezieria di Firenze situata nel convento di Ognissanti. Decaduta lentamente, la farmacia fu dismessa nel 1866, in seguito alla legge che sancģ la chiusura dei conventi.

Oggi, gli arredi e le dotazioni che ne documentano l'antica storia sono: scaffali in legno di noce con sportelli e vetrine, colonnine e decorazioni eseguite nello stile della prima metą del secolo XIX, vasi in maiolica che recano lo stemma conventuale con la croce sostenuta da tre monti, albarelli e alambicchi per la distillazione in vetro antico da farmacia. Al piano dell'antica farmacia, nella zona di clausura, si trova un raro esemplare di orologio a colonna del XVIII secolo, azionato a pesi, firmato Francesco Nuzzi di Rincine. Restaurato alcuni anni fa dall'orologiaio aretino Francesco Burzi, č ancora funzionante.

Il Museo č dotato di alcuni strumenti scientifici, tra i quali due antichi quadranti, tre clessidre e un calendario perpetuo. Sono inoltre conservati due erbari: l'Erbario Semplici in natura raccolto da Francesco Maria Venturini nel 1711 e l'Herbier di A. Philouse del 1950.