Un Giardino dei Semplici risulta essere attivo a Siena, presso lo Spedale di Santa Maria della Scala, dalla fine del secolo XVI. Nel 1784, venticinque anni dopo la trasformazione della Cattedra dei Semplici in Cattedra di Storia Naturale, fu istituito presso lo Spedale l'Orto Botanico dell'Universitą che, nel 1856, fu trasferito nella sede che occupa ancora, nei pressi dell'Accademia dei Fisiocritici, continuando nel corso degli anni ad essere ampliato e trasformato.

La collezione di piante all'aperto comprende numerosi esemplari disposti secondo un ordine sistematico, vecchi esemplari di piante esotiche che testimoniano l'allestimento ottocentesco e piante indigene variamente disposte. Le piante in serra sono ospitate in vari ambienti: nella serra calda, fatta costruire, alla fine dell'Ottocento, da Attilio Tassi (direttore dal 1860 al 1905), sono ospitate le specie della fascia tropicale; nel tepidario, utilizzato per il ricovero invernale di specie esotiche, un reparto ospita le Succulente, coltivate in piena terra e distinte in base al paese di origine; nella limonaia si trovano le teche che contengono le piante insettivore, la collezione dei principali agrumi coltivati in Europa e le specie utilizzate negli studi sperimentali. Nel podere sono coltivate piante fruttifere, olivi e viti, con i vitigni principali del Chianti. Questo settore dell'Orto č attualmente soggetto a trasformazioni per l'allestimento di nuove collezioni.