Tra le iniziative livornesi, in campo di difesa sanitaria, troviamo, già dal tempo del Granduca Francesco I de' Medici, l'istituzione di lazzaretti, in funzione di luoghi specificamente adibiti ad ospitare per un periodo di quarantena viaggiatori e merci sospetti, al fine di evitare la diffusione di pericolose epidemie. Il primo ad essere istituito fu quello di San Rocco (fine del XVI secolo), situato sullo scoglio della torre del Fanale (Fanale dei Pisani). L'iniziativa della costruzione del nuovo lazzaretto fu accompagnata anche da un aggiornamento dei regolamenti sanitari e dall'istituzione nel 1606 di un magistrato di sanità residente a Livorno. Esisteva poi quello di San Jacopo a cui si affiancò, nel 1769, quello di San Leopoldo.

La situazione sanitaria livornese fu riordinata da Pietro Leopoldo di Lorena. Nel 1777 il Granduca ordinò un'attenta ispezione degli ospedali cittadini, decidendo di migliorare le strutture esistenti che già nel secolo precedente erano state sottoposte a tentativi di ristrutturazione e ad ampliamento. Nel secolo XVIII il sistema assistenziale livornese era costituito ancora, come nel secolo precedente, da due principali strutture: l'Ospedale di S. Antonio per gli uomini e di S. Barbara per le donne. Esisteva, inoltre, un terzo ospedale tenuto dalle monache della SS. Annunziata e di S. Ranieri, situato nell'ex-convento dei Gesuiti. Tra le innovazioni da mettere in evidenza troviamo un progetto per l'unificazione dell'intero sistema assistenziale in un unico ospedale generale da impiantare nell'area del lazzaretto di San Rocco, ma si ebbe soltanto un'unificazione amministrativa delle tre strutture avvenuta nel 1787 sotto la direzione di un commissario governativo.

Nella sua Guida di Livorno Piombanti riferisce dell'istituzione a Livorno di un'Accademia o Società Medica. Fondata nel 1825, la società aveva come finalità «l'incremento della scienza medico-chirurgica e la pubblica utilità. Vi appartenevano medici, chirurgi e farmacisti. Approvata dall'autorità governativa, dispensava diplomi ai soci, e teneva le adunanze sopra la bella e ricca farmacia Villoresi accanto alla prefettura. Leggevano dissertazioni scientifiche, coadiuvavano la confraternita della Misericordia, facevan visite ed operazioni gratuite ai poveri, loro somministrando anche i medicamenti». Riformata negli statuti per ben due volte, la società fu sciolta 40 anni più tardi, nel 1865.

Oggi all'Azienda Sanitaria Locale 6 di Livorno afferisce l'Ospedale Costanzo Ciano, inaugurato nel 1932 nella sede di viale Alfieri, dove tuttora si trova. La raccolta di strumenti medico-scientifici conservati è costituita da strumenti utilizzati dall'Ospedale nel corso del secolo XX o provenienti da altre istituzioni sanitarie cittadine. Fra questi sono da segnalare un'apparecchiatura radiologica di fabbricazione statunitense risalente al periodo della Seconda Guerra Mondiale, pestelli e attrezzature farmaceutiche. I reperti sono esposti, a scopo decorativo, in nove cliniche diverse dell'Ospedale.