Nel 1840 fu fondato a Pisa, ad opera di Cosimo Ridolfi, un istituto agrario che nel 1870 divenne una sezione della Facoltà di Scienze Naturali con il nome di Scuola Agraria Pisana. Nel corso della prima metà del Novecento, la Scuola diventò Istituto Superiore di Agraria e, nel 1935, Facoltà di Agraria. Negli anni Settanta si costituirono gli Istituti di Patologia Vegetale e Zooculture. Nel 1991 nacque il Dipartimento di Agronomia e Gestione dell'Agroecosistema.

Il Dipartimento conserva una collezione di agronomia e una di meccanica agraria. La prima è composta da 95 modelli di attrezzi agricoli in legno e metallo, costruiti a scopo didattico tra metà Ottocento e primo Novecento, e commissionati direttamente dai docenti. Ne fanno parte, inoltre, alcuni attrezzi agricoli originali dello stesso periodo. La collezione di meccanica agraria comprende 80 modelli in scala, per uso didattico, di macchine agricole motrici e operatrici, databili tra la fine dell'Ottocento e gli inizi del Novecento.