Gli strumenti chirurgici per interventi di asportazione di parti molli, liquidi o denti e di incisione sono collocati nelle seguenti dodici cassette:

la n. II, CUCURBITAE ET SCALPELLA, con coppette in vetro o ottone, flebotomi, cioè lancette da salasso, e bisturi per l'estrazione del sangue;

la n. IV, PRO FOLICULATIS TUMORIBUS, con taglienti, pinzette, uncini e altro per l'asportazione di tumori follicolati, come le cisti sebacee;

la n. IX, PRO POLYPIS NARIUM, con lo strumentario completo per l'asportazione dei polipi nasali;

la n. X, denominata ODONTAGRA, termine che indica la pinza usata per l'estrazione dentaria, ivi presente insieme a strumenti per la terapia conservativa (specilli, lime, cauteri, raschiatoi);

la n. XI, ORIS SPECULA ET BASSALINQUA, OSTAGRA ET PARISTHMIOTOMI, contiene apribocca e abbassalingua, tonsillotomi e ostagra;

la n. XII, AQUAEPUNCTORIA, con compressori, aghi e cannule per l'estrazione di liquidi e trequarti per effettuare la tracheotomia;

la n. XIII, PRO PECTORE ET PRO CELOTOMIA, per l'aspirazione di versamenti pleurici, per l'erniotomia e litotomia;

la n. XIV, CATHETERES ET SYRINGA, con cateteri per svuotare di urina la vescica, siringhe e schizzetti per iniettare nei genitali medicamenti;

la n. XXII, PRO FISTULA ANI, con ferri per la cura chirurgica della fistola anale, tra i quali, al centro tra due coltelli, in alto, un esemplare dello strumento con cui Giovanni Alessandro Brambilla operò il 18 agosto 1789 l'Imperatore d'Austria Giuseppe II (1741-1790).

Strumenti da asportazione sono anche quelli presenti nella III cassetta, FORFICES, con forbici piccole e tanaglie per unghie e la n. XXIII e la n. XXIV, denominate entrambe ENTERENCHYTAE, con clisteri e insufflatori di fumo di tabacco.

L'armamentario fu realizzato dal coltellinaio Joseph Malliard.