Al nome di Mario Guiducci è legata indissolubilmente la querelle sulle comete che nel 1623 portò Galileo a scrivere Il Saggiatore (Roma, 1623). Nel 1618, l'apparizione di tre comete, una delle quali nel segno dello Scorpione, aveva destato l'interesse del mondo scientifico. Il gesuita Orazio Grassi (c.1590-1654) del Collegio Romano aveva scritto la De tribus cometis anni mdcxviii disputatio astronomica (Roma, 1619). Galileo per ragioni di opportunità aveva deciso di non entrare nella discussione, preferendo affidare le proprie osservazioni a Mario Guiducci. Questi, suo discepolo fedele, accolse la proposta e nacque così il Discorso delle comete (Firenze, 1619). Grassi, celandosi sotto la maschera di Lotario Sarsi (anagramma del suo nome), pubblicò la Libra astronomica ac phi losophic a (Perugia, 1619), attaccando direttamente Galileo. A questo punto le strade di maestro e discepolo si divisero: Galileo rispose con Il saggiatore (Roma, 1623) e Guiducci con la Lettera al m.r.p. Tarquino Galluzzi della Compagnia di Gesù… nella qua le si gi ustifica dalle imputazioni dategli da Lotario Sarsi ... nella Libra astronomica e filosofica (Firenze, 1620) in cui si difese dall'accusa di essere un prestanome. Con un'abile apologia, pur ribadendo di essere portatore del pensiero galileiano, Guiducci rivendicò per sé il merito di essersene fatto originale interprete, così come un bravo pittore che riesce a dare colore al disegno tratteggiato da un grande artista.

Guiducci, che proveniva da una ricca famiglia (la madre era una Capponi), era stato in origine giurista a Pisa, prima di convertirsi alla scienza galileiana. Fu console dell'Accademia fiorentina e membro della Crusca; nel 1621, per chiari meriti, fu associato all'Accademia dei Lincei. Durante tutta la vita rimase costantemente in corrispondenza con Galileo e fu per lui non solo discepolo ma anche amico e confidente.