Il Museo della Casa Contadina è stato aperto al pubblico nel 1998 ed è gestito dall'Associazione Culturale Janus Museum, costituitasi nello stesso anno. Nel 1999 è entrato a far parte del Sistema Agricolo Pastorale dell'Ecomuseo del Casentino. Ha sede in un edificio che riprende le forme della casa rurale del Basso Casentino, dove sono ricostruiti gli ambienti di lavoro e la vita domestica dei contadini. Il percorso espositivo è organizzato secondo una sequenza legata alle attività svolte nei diversi ambienti. Dalla cantina alla stalla sino alla cucina, ogni locale conserva gli antichi strumenti legati ai lavori che lì si svolgevano.

La collezione etnografica, la cui catalogazione è stata curata dalla Regione Toscana, è stata raccolta nel corso di molti anni da Giancarlo del Pasqua, Presidente dell'Associazione. L'esposizione, oltre agli oggetti di uso domestico ricordati in precedenza, comprende anche strumenti legati all'attività contadina e artigiana (attrezzi da calzolaio e da fabbro) dell'Ottocento e del Novecento.

Il Museo dell'Acqua, aperto nel 2001 e incluso nel Sistema dell'Acqua dell'Ecomuseo del Casentino, è situato nell'edificio della centrale idroelettrica "La Nussa". La centrale, ancora oggi funzionante, fu edificata agli inizi del secolo XX sul luogo occupato, sin dal secolo XVIII, da un mulino. Distrutta dai tedeschi, fu ricostruita nel 1946. Il Museo, che costituisce il punto di partenza per un percorso tematico sull'acqua nel comprensorio del Casentino, ha lo scopo di illustrare le varie modalità d'impiego dell'acqua, da fondamentale risorsa nell'alimentazione a determinante elemento per la produzione di energia, indispensabile per azionare le macchine di mulini, gualchiere e ferriere.

La prima sezione del Museo è dedicata alle "acque della valle", cioè alla rete idraulica creata attorno al fiume Arno e ai suoi affluenti. La seconda sezione descrive i ponti che collegano i vari paesi sorti lungo il corso dell'Arno e le strutture dei porti fluviali, come quelli della Badia di Pratovecchio e di Ponte a Poppi. Nelle sezioni successive si spiega l'importanza dell'acqua per le attività manifatturiere e industriali della valle casentinese; in particolare, nella sezione "artificiose macchine" sono illustrati gli impieghi dell'acqua come forza motrice e le diverse macchine usate negli opifici idraulici. Infine, una sezione è dedicata all'aspetto terapeutico dell'acqua e alle varie sorgenti dotate di particolari proprietà curative come le acque solforico-ferruginose di Chitignano o quelle degli antichi Bagni di Cetica.

Nel Museo è anche allestito un laboratorio nel quale è possibile effettuare esperimenti sulle qualità fisico-chimiche dell'acqua e sui principi idrodinamici. In particolare, due sezioni sono dedicate alla didattica: una, intitolata "Il filo dell'acqua: piccoli esperimenti per grandi principi", permette di illustrare con semplici strumenti i principi della capillarità, dei vasi comunicanti, della turbina a reazione; l'altra, dal titolo "Gocce sapienti", presenta un allestimento suggestivo con le risposte alle curiosità sull'acqua che "piovono dal soffitto".

Realizzato alla fine del secolo XVIII, il Mulino del Bonano è stato ristrutturato nel 1999, ripristinandone le antiche strutture. È posto sull'omonimo torrente, dal quale ricava, attraverso apposite deviazioni, l'acqua per azionare la pala che fa ruotare la macina. Di proprietà privata, continua ancora oggi a macinare castagne e granoturco. Poco più a monte è possibile visitare la Ferriere del Bonano, altro significativo esempio dell'antica e produttiva attività manifatturiera casentinese.

Si tratta di un opificio idraulico che utilizzava l'acqua del torrente Bonano per la lavorazione del ferro. Proposto nell'ambito del sistema manifatturiero del Casentino, di cui costituisce uno dei tanti esempi, conserva i macchinari e la sistemazione idraulica necessaria alla produzione di energia motrice. Poco più a valle è possibile ammirare anche l'antico Mulino del Bonano.

Fondato nel 1996, il Centro di Documentazione della Cultura Rurale del Casentino (CDCR) fa parte del Sistema Agricolo Pastorale dell'Ecomuseo del Casentino. È collocato nella piccola Torre di Ronda dell'antico Borgo di Castel Focognano, unico resto del castello del secolo XI, distrutto dal vescovo Tarlati nel 1322.

Il Centro conserva una raccolta di testimonianze materiali riguardanti le attività delle popolazioni casentinesi e una consistente documentazione relativa a tradizioni, credenze, usi e costumi locali. La collezione è articolata in diverse sezioni legate agli aspetti peculiari della cultura agro-silvo-pastorale tipica del territorio casentinese: il lavoro del bosco e della terra, la pastorizia, la lavorazione della lana. Gli oggetti sono esposti senza barriere, in modo che il visitatore possa interagire con essi. La maggior parte degli attrezzi è stata raccolta nei due anni precedenti all'apertura del museo presso vari privati della zona e successivamente restaurata.

Dopo un lungo periodo di chiusura a causa di furti, il 7 dicembre 2002 è stato inaugurato il nuovo Museo della Verna, che testimonia l'arte, la storia e la vita monastica nel Santuario, in un percorso che si snoda in varie sale fino alla stanza del "fuoco comune", nella quale la comunità si riuniva ogni sera.

Il percorso museale comprende l'Antica Farmacia, istituita nel 1549 a spese di Cosimo de' Medici e di sua moglie Eleonora di Toledo, oggi ricomposta in un ambiente situato all'interno del Santuario. Già nel secolo XVII i prodotti della farmacia erano famosi, tanto che gli speziali del monastero vi praticavano un periodo di tirocinio prima di passare alla spezieria di Firenze situata nel convento di Ognissanti. Decaduta lentamente, la farmacia fu dismessa nel 1866, in seguito alla legge che sancì la chiusura dei conventi.

Oggi, gli arredi e le dotazioni che ne documentano l'antica storia sono: scaffali in legno di noce con sportelli e vetrine, colonnine e decorazioni eseguite nello stile della prima metà del secolo XIX, vasi in maiolica che recano lo stemma conventuale con la croce sostenuta da tre monti, albarelli e alambicchi per la distillazione in vetro antico da farmacia. Al piano dell'antica farmacia, nella zona di clausura, si trova un raro esemplare di orologio a colonna del XVIII secolo, azionato a pesi, firmato Francesco Nuzzi di Rincine. Restaurato alcuni anni fa dall'orologiaio aretino Francesco Burzi, è ancora funzionante.

Il Museo è dotato di alcuni strumenti scientifici, tra i quali due antichi quadranti, tre clessidre e un calendario perpetuo. Sono inoltre conservati due erbari: l'Erbario Semplici in natura raccolto da Francesco Maria Venturini nel 1711 e l'Herbier di A. Philouse del 1950.