La fondazione della farmacia risale al secolo XIV, probabilmente dopo la morte di Dante (1321), qui ricordato da un busto. Fra i suoi speziali annovera il famoso Matteo Palmieri, che la gestì fino al 1480, anno della sua morte. In origine la farmacia era situata, nell'angolo di via Verdi, al piano terra di Palazzo Uccellini dal cui stemma, raffigurante il volo di tre rondini d'argento in campo rosso, aveva preso il nome.

Nel 1919 l'architetto Adolfo Coppedè, fratello del più noto Gino, ristrutturò la farmacia, mantenendone il carattere trecentesco. Coppedè commissionò a Umberto Bartoli una "Madonna" racchiusa da una mandorla formata da uno stormo di rondini in volo, perduta durante l'alluvione dell'Arno del 1966.

Nel 1936, nell'ambito del progetto di "risanamento" del quartiere di Santa Croce, la farmacia fu trasferita nella sede attuale. In tale occasione, l'arredo progettato dal Coppedè fu riadattato ai nuovi locali, mantenendo sostanzialmente i caratteri originali, nonostante i danni provocati dall'alluvione del 1966. La scaffalatura continua, caratterizzata da architravi, pilastri, mensole, nicchie e capitelli, è arricchita da pannelli rettangolari in metallo dipinti con motivi floreali e con figure maschili in abiti trecenteschi. Il banco vendita è decorato al centro da un pannello ad olio raffigurante il soccorso al malato. Anche la decorazione parietale a finta tenda ed il rivestimento in legno a lacunari del soffitto ripropongono la continuità progettuale voluta dal Coppedè per l'antica farmacia.