La farmacia fu istituita grazie all'iniziativa di frate Antonino e alla munificenza di Cosimo de' Medici, detto Il Vecchio, negli anni in cui quest'ultimo decise di far ricostruire il complesso monastico di San Marco. Nel 1450, la farmacia, i cui preparati erano destinati inizialmente al solo convento, fu aperta anche al pubblico. Della sua produzione divennero famosi un alchermes, particolarmente apprezzato da Lorenzo il Magnifico, e l'acqua antisterica. Nel 1498 furono creati l'elisir stomatico, il liquore domenicano, la tisana, l'elastina e lo sciroppo di pino silvestre. Risale al 1700 l'acqua di rose, della quale i domenicani scrivevano: «Grazie alla particolaritą delle singolari Rose di Bulgaria, dalle quali č direttamente distillata, l'acqua di rose č miracolosa per ritardare i tristi prodromi della vecchiaia: le rughe. Intiepidita a bagnomaria ridą agli occhi stanchi brillantezza e vivacitą». La farmacia svolse, attraverso i secoli, anche funzione di cenacolo di artisti ed intellettuali.

Nel 1995 l'attivitą fu trasferita in via Carissimi. Negli antichi locali si conserva l'arredo risalente alla fine del secolo XVII, costituito da una serie di armadi in legno naturale di elegante fattura disposti nella sala vendita, nella sala adiacente, detta del "Coccodrillo", e nel retro adibito a laboratorio. La ricca e documentata dotazione, che risaliva ai secoli XVI e XVII, si componeva soprattutto di vasi in ceramica di manifattura Ginori di Doccia e di 26 orcioli policromi a due anse attribuite alla manifattura di Montelupo. In seguito al furto che l'ha completamente dispersa, la dotazione č stata sostituita con copie fatte eseguire a Montelupo dal padre Fatichi.