Il Centro di Documentazione è nato nel luglio 1998. La sua fondazione è stata promossa dall'Università degli Studi di Firenze, dalla Provincia e dal Comune di Firenze, dalla USL 10, dalle Aziende Ospedaliere di Careggi e Meyer e dall'Ordine dei Medici di Firenze. Nel corso dei primi anni di attività, il Centro si è fatto promotore della costituzione di un percorso museale con opere provenienti dall'Ospedale San Giovanni di Dio, nella cui sede monumentale è ospitato.

Le sue finalità sono la conservazione e la valorizzazione del patrimonio scientifico, artistico, storico, documentale e librario nell'ambito delle scienze mediche. Il Centro promuove studi e ricerche, nonché la produzione di documentazione editoriale e multimediale.

La collezione di strumenti medici si è formata nel corso del 2000, sollecitando i medici a donare al Centro il loro strumentario obsoleto. Gli strumenti di cui si compone la collezione (secoli XIX e XX) appartengono a diversi settori di specializzazione.

Lo storico ospedale di San Giovanni di Dio fu fondato nel 1380 da Simone Vespucci con il nome di Santa Maria dell'Umiltà. Ebbe come scopo quello di accogliere poveri e pellegrini. Nel corso del secolo XV, terminato il patronato della famiglia Vespucci, passò sotto la sorveglianza dei Capitani del Bigallo, congregazione cui era affidata la sovrintendenza su tutti gli ospedali. Il 4 febbraio 1588, il Granduca Ferdinando I de' Medici affidò il possesso dell'Ospedale ai frati di San Giovanni di Dio, ordine ospedaliero fondato in Spagna da Giovanni Ciudad nel secolo XVI. A partire dal 1635, i frati si occuparono anche dell'ampliamento della struttura dell'edificio: risale ai primi anni del Settecento la ristrutturazione, su progetto dell'architetto Carlo Marchettini, che conferì all'Ospedale l'aspetto attuale. Durante i primi decenni dell'Ottocento fu ampliata l'attività chirurgica che rimase attiva, nella sede storica di Borgo Ognissanti, fino agli anni Settanta del secolo XX.