Nel 1883 fu istituita la Scuola di Applicazione di Sanità Militare, dotata di un laboratorio batteriologico. Nel 1888 fu affiancata da un museo di anatomia e traumatologia; nel 1900 furono istituiti un museo di igiene e i gabinetti di odontoiatria e di otorinolaringoiatria. Durante la Prima Guerra Mondiale l'istituto fu trasformato in Ospedale Militare e, nel 1993, assunse la denominazione attuale.

Il Centro, che dovrà essere trasferito a Roma, conserva una collezione didattica di strumenti medico-farmaceutici dei secoli XIX e XX (circa 1.000 reperti). Buona parte dei materiali era originariamente destinata alla didattica all'interno della Scuola di Sanità Militare. Si sono in seguito aggiunti altri strumenti recuperati per evitarne la dispersione. La maggior parte degli oggetti è conservata in stanze appositamente predisposte. Alcuni si trovano nel chiostro interno all'edificio di via Venezia.