La costruzione della Certosa, iniziata nel 1342 per volontà del banchiere fiorentino Niccolò Acciaioli, uno degli esponenti di spicco dell'Arte del Cambio, si sviluppò attraverso i secoli arricchendosi di importanti opere d'arte. I monaci Certosini, la cui attività nella Certosa terminò nel 1958 quando vi subentrarono i Cistercensi, svolsero un'intensa attività di ricerca e di sperimentazione anche nel campo scientifico: lo testimoniano una meridiana a camera oscura, un doppio orologio verticale a pietra d'angolo e due orologi orizzontali, situati all'interno della Certosa. Particolarmente interessanti risultano gli ultimi due, collocati entrambi nel sottoportico del chiostro grande. Il primo, dotato di quadrante circolare, presenta il motto «PUDOR SIT UT DILUCULUM», citazione dalla seconda riga, settima strofa dell'Inno di Sant'Ambrogio intitolato Splendor paternae gloriae in cui vengono menzionati i momenti fondamentali del giorno. È datato MDCCCIL (1849) e porta incise le linee orarie e le cifre romane. È privo dello gnomone. Più interessante e singolare è il secondo orologio solare orizzontale. Di forma quasi quadrangolare, ma con un lato che percorre un arco di cerchio, è dotato di un settore circolare costituito da tanti incavi realizzati a trapano. Le linee oblique da cui è formato permetterebbero, secondo studi e sperimentazioni recenti, di leggere l'ora con la precisione del minuto, un'idea unica nel genere.

Già dal secolo XVI è attestata l'attività della Farmacia, presenza costante all'interno degli ordini monastici, dove si realizzavano rimedi medicamentosi con l'impiego di piante officinali. La grande spezieria era provvista di officina, profumeria, fabbrica di candele e magazzini che si snodavano nei sotterranei della Certosa. Rimasti intatti i locali della farmacia, sono andati perduti gli arredi. Ancora nel 1934 il Pedrazzini ricordava suppellettili del secolo XVII di manifattura di Cafaggiolo e di Montelupo. Attualmente nella farmacia, in passato famosa per la sua acqua oftalmica o per l'elisir di alchermes, si trovano arredi di recente fattura. L'attività odierna è prevalentemente rivolta alla creazione di liquori e profumi.