La chiesa di San Salvatore in Ognissanti viene fondata alla metà del secolo XIII dai frati Umiliati, un ordine religioso dedito alla lavorazione e al commercio delle stoffe. L'insediamento del convento sulle rive dell'Arno si motiva con l'esigenza di sfruttare l'energia idraulica per azionare le macchine necessarie alla lavorazione dei panni di lana. La posizione è strategica: in quel punto del fiume erano già state realizzate, all'inizio del Duecento, delle pescaie. Inoltre non distante sorge il ponte alla Carraia, costruito nel 1218 per alleggerire dal traffico l'unico ponte fino allora esistente, da quel momento chiamato Ponte Vecchio. L'insediamento degli Umiliati determina lo sviluppo del borgo e della piazza e la costruzione di nuovi mulini e di gualchiere sulla riva del fiume.

La chiesa e la piazza hanno perso l'aspetto medievale. Nel Cinquecento Cosimo I de' Medici assegna il complesso religioso prima agli Scopetini, poi ai Frati Minori Osservanti e prendono avvio importanti lavori di ristrutturazione della chiesa. L'interno, pur conservando l'impianto architettonico gotico a una sola navata e con transetto rialzato, presenta una decorazione sobriamente barocca, così come barocca è la facciata, realizzata nel 1637 su progetto dell'architetto Matteo Nigetti.

La chiesa di Ognissanti, pur non essendo un centro di studi scientifici e astronomici, conserva una interessante testimonianza figurativa di come poteva presentarsi, tra Medioevo e Rinascimento, lo studio di un uomo di scienza. Un affresco staccato, dipinto da Botticelli nel 1480 e oggi collocato sulla parete destra, rappresenta Sant' Agostino nello studio. L'opera viene realizzata in contrapposizione con il San Gerolamo nello studio di Ghirlandaio, oggi collocato sulla parete opposta. Il dipinto botticelliano raffigura lo studio del santo utilizzando tutti gli elementi che, nel repertorio figurativo del tempo, servivano a caratterizzare un ambiente destinato alla meditazione e alla speculazione scientifica. Sulla mensola, alle spalle del santo, sono riposti numerosi libri tra i quali un volume aperto che presenta figure geometriche riferibili a Euclide, davanti al quale è posto un orologio meccanico che indica l'ora I (Prima) dopo il tramonto. Nello studiolo non poteva mancare la sfera armillare, uno strumento astronomico che solitamente rappresenta le orbite dei pianeti e del Sole mediante armille (anelli) imperniate attorno ad un centro comune. Quella raffigurata nel dipinto rispecchia la visione geocentrica dell'universo, propria del sistema tolemaico, con le armille che indicano le principali coordinate celesti.