La farmacia, la cui fondazione si fa risalire alla prima metà del XVIII secolo, deve il suo nome alla fontana con il cinghiale, detta del "porcellino", opera in bronzo dello scultore Pietro Tacca (1612) che, collocata in passato di fronte al suo ingresso, è oggi situata sul lato corto della Loggia del Mercato Nuovo. Ancora oggi la farmacia è collocata nella sua sede originaria, al piano terra di un edificio già di proprietà dell'Arte della Seta, poi del Cambio e infine dell'Ospedale degli Innocenti.

L'antica origine della farmacia è testimoniata da un importante testo, edito a Firenze nel 1752, nel quale il medico fiorentino Niccolò Branchi della Torre elencava una serie di esperimenti chimici effettuati nel laboratorio di questa Spezieria (l'opera, conservata nel fondo Palatino della Biblioteca Nazionale Centrale, reca il significativo titolo "Indice di esperienze chimiche che saranno mostrate da Niccola Branchi Dottore in Filosofia e Medicina nel corrente anno MDCCLII in Firenze nel Laboratorio della Spezieria del Cinghiale in Mercato Nuovo per uso di alcuni associati"). Questo fatto, oltre a testimoniare la funzione della farmacia come centro di ricerche d'avanguardia, è il segno della notorietà del Branchi il quale nel 1757 ottenne dal Granduca Francesco Stefano di Lorena l'incarico di aprire a Pisa la prima scuola di chimica.

Nel secolo XIX la farmacia divenne anche centro di ritrovo di intellettuali illustri, come i letterati Aleardi, Prati, De Amicis e Fucini, quest'ultimo ricordato da una lapide collocata all'interno del locale.

La farmacia ha subito numerose trasformazioni, anche in seguito ai danni subiti per l'alluvione dell'Arno del 1966. Dell'antico arredo e della dotazione originaria restano solo, all'interno, una bilancia pesapersone e, all'esterno, il rivestimento in marmo bianco e verde che incornicia le vetrine e la porta di ingresso.