Il giardino, annesso al palazzo edificato agli inizi del Settecento su disegno di Carlo Fontana e su commissione del marchese Alessandro Capponi, occupa l'area su cui sorgeva nel secolo XVI il giardino di Jacopo Salviati, rinomato per l’abbondanza di piante rare e per la ricchezza della decorazione. Agostino Del Riccio vi segnalava la presenza del finocchio dolce o finocchio doppio, pianta "peregrina e nuova" per quei tempi. Nel secolo XVIII il giardino era famoso per le voliere, le piante d'agrumi, le piante secolari, le statue, la limonaia decorata e una fontana alimentata dall'acqua proveniente dal vicino Orto botanico. Interessante è una voliera, realizzata tra il 1706 e il 1708, che presenta decorazioni a spugna e conchiglie.

Fino a qualche anno fa il giardino era quotidianamente aperto al pubblico; ma oggi la difficile fruizione e manutenzione di un giardino di questo tipo ha reso obbligatoria la sua chiusura.