Nacque nel 1904 come Istituto Agricolo Coloniale con la finalità di compiere studi e ricerche in appoggio ai servizi agrari delle colonie (formazione di tecnici, pubblicazione della rivista «Agricoltura Coloniale», consulenze) e aiutare gli emigranti italiani a inserirsi nelle nuove realtà agricole. Nel 1939 diventò Ente di Stato con il nome di Istituto Agricolo per l'Africa Italiana; i suoi compiti consistevano nel preparare i tecnici e fornire consulenza agricola ai governi di Eritrea, Somalia, Libia ed Etiopia. Nel secondo dopoguerra l'Istituto fornì assistenza tecnica agli emigranti italiani in America Latina, mantenendo rapporti di collaborazione con le ex colonie. Nel 1953 passò sotto il Ministero degli Affari Esteri con la denominazione attuale e, nel 1962, ne diventò l'organo di consulenza nel campo tecnico-scientifico agrario. Attualmente i suoi compiti riguardano la cooperazione allo sviluppo, la formazione, la ricerca, la raccolta di documentazione e l'assistenza tecnica.

L'Istituto possiede una collezione di piante tropicali e subtropicali, una collezione entomologica e un Museo Agrario. I reperti sono stati in gran parte raccolti dagli esperti dell'Istituto nel corso delle loro missioni.

La collezione di piante tropicali e subtropicali comprende circa 300 specie tra le più importanti. Le piante sono coltivate nelle serre calde e fredde e, in piccola parte, nel giardino dell'Istituto e sono raggruppate in base alla loro utilizzazione.

Della collezione di insetti tropicali e subtropicali, merita segnalare la raccolta Kruger di insetti della Cirenaica, acquisita negli anni Venti. I campioni sono conservati in massima parte a secco (in cassette entomologiche) o in alcool. Le specie provengono da buona parte dell'Africa, dal Sud America, dall'Oriente. Sono presenti anche campioni italiani ed europei. La collezione viene continuamente arricchita.

Il Museo Agrario Tropicale, in fase di ristrutturazione e riallestimento, presenta una collezione di prodotti di origine animale e vegetale, oggetti agricoli e d'artigianato, vestiario e strumenti musicali provenienti da Africa, Asia, Oceania e America Latina, raccolti in particolare da esperti dell'Istituto. La collezione ha finalità anche didattica e include, tra l'altro, campioni di materiali grezzi, dei quali si mostra il processo di lavorazione fino al prodotto finito.

L'Istituto è anche dotato di una raccolta (circa 1.500 reperti) di carte "generali" (topografiche, geografiche, ecc.) e "tematiche" (pedologiche, fitogeografiche, climatiche, ecc.), suddivise per aree geografiche e paesi, e di un ricco archivio fotografico che comprende 70.000 stampe fotografiche (60.000 in album, 10.000 sciolte), 10.000 diapositive e lastre, 65.000 negativi, riguardanti l'agricoltura tropicale e subtropicale e gli usi e i costumi delle popolazioni locali.

Infine, il Centro di Documentazione Inedita, nato alla metà degli anni Cinquanta, raccoglie documenti non pubblicati, come rapporti di missione, corrispondenza, studi, atti di conferenze, originali di articoli. L'Istituto conserva 4.570 fascicoli, ciascuno dei quali contiene vari documenti d'archivio. La documentazione è relativa, per la maggior parte, alle ex colonie italiane e all'emigrazione italiana in America Latina dopo la fine della Seconda Guerra Mondiale.