L'Istituto fu creato nel 1886, rispettando la volontą testamentaria di Angelo Vegni, che aveva destinato il suo patrimonio alla fondazione di una Scuola Superiore di Agricoltura.

La scuola, che fin dall'inizio fu dotata di un convitto e di un'azienda agraria, rappresenta oggi un importante punto di riferimento per la formazione dei professionisti dell'ambiente e degli operatori agricoli. L'istituto si pone all'avanguardia nel contesto europeo per i suoi laboratori di scienza, chimica, informatica, zootecnia e tecnologie meccaniche. Possiede inoltre un'importante collezione di strumenti scientifici di interesse storico, proveniente dal Gabinetto di Fisica, fra i quali si segnalano antichi strumenti di topografia (un tacheometro OMS della metą del Novecento, un livello clisimetro marcato "Scuola Scientifica Viennese Perugia", squadri e altro) e apparecchiature per esperienze di fisica dell'inizio del Novecento (emisferi di Magdeburgo, uno spinterometro, conduttori di forma diversa). Fanno parte della raccolta anche un meccanismo di orologio da campanile costruito dalle Officine Galileo di Firenze e una collezione ossea di animali domestici.