L'istituto fu fondato nel 1878, col nome di Regio Liceo Ginnasio, da Francesco De Sanctis, allora Ministro della Pubblica Istruzione. Ha sede nell'edificio del Collegio gesuitico, progettato nel 1574 da Bartolomeo Ammannati e passato nel 1775 ai Padri Scolopi. Dalla fine del secolo XIX iniziņ l'acquisizione di strumenti scientifici; alcune apparecchiature furono costruite all'interno della scuola.

La collezione degli strumenti di Fisica (secoli XIX e XX) comprende apparecchiature di Ottica e Acustica, macchine elettriche e altri dispositivi. La collezione naturalistica, costituita a fini didattici tra la fine dell'Ottocento e la prima parte del Novecento, č formata da circa 400 reperti naturalistici. Gli strumenti e i reperti sono ancora utilizzati nei laboratori di Fisica e Scienze della scuola.