L'attuale istituto deriva dall'accorpamento, avvenuto nel 1998, di due scuole superiori di diverso indirizzo: il Liceo Classico "Machiavelli", istituito nel 1968, e l'Istituto Magistrale "Capponi", nato nel 1860. Le collezioni appartenevano all'Istituto Capponi, nella cui sede originaria, in piazza Frescobaldi, sono oggi conservate. La collezione naturalistica comprende reperti zoologici, botanici, geologici, mineralogici e fossili dei secoli XIX e XX; la collezione di fisica conserva strumenti e modelli didattici di fisica, databili a partire dalla seconda metà del secolo XIX.