Nel 1870, quando Firenze era capitale del Regno d'Italia, Vittorio Emanuele II istituì il Museo "Etrusco" accanto a quello "Egizio", nei locali del convento di Sant'Onofrio (detto di Fuligno) in via Faenza. Nel 1881 le collezioni furono trasferite in via della Colonna andando a costituire il R. Museo Archeologico. L'attuale sistemazione presenta buona parte della collezione mediceo-lorenese di antichità etrusche, greche e romane, in precedenza esposta nella Galleria degli Uffizi, e una parte dei reperti che costituivano la sezione topografica etrusca del Museo, danneggiati durante l'alluvione del 1966 e in seguito restaurati. Il Museo Archeologico, che ha sede nel secentesco Palazzo della Crocetta, ospita anche il Museo Egizio, secondo in Italia per importanza solo a quello di Torino.

Tra i reperti di interesse scientifico conservati dal Museo si segnala una piccola collezione di strumenti di misura di varia natura, di epoca egizia, etrusca e romana. Si tratta di bilance e stadere con i relativi pesi, misure di capacità, un modello di cubito e misure per il tempo di epoca egizia.

Di notevole interesse anche il giardino monumentale, impiantato già nel Cinquecento per volere di Cosimo II de' Medici, ma notevolmente rimaneggiato nei secoli successivi. Poco rimane dell'assetto datogli nella prima metà del Settecento dal giardiniere di Boboli Francesco Romoli, che prevedeva una dozzina di aiuole regolari dentro cui disporre piante di agrumi. L'aspetto attuale del giardino si deve, infatti, all'interesse del primo direttore del Museo, Luigi Milani, che, nei primi anni del Novecento, vi fece collocare tombe etrusche scoperte in quegli anni, dopo averle fatte smontare dalle loro sedi originarie. A queste si aggiunsero anche cippi e statue, in un impianto che, negli intenti del direttore, doveva legare concettualmente il giardino al piano terra del Palazzo, dove era collocata la sezione topografica del Museo.