Nel 1564 fu fondata ad Anghiari la Compagnia dello Spirito Santo, che assunse poi il nome di Confraternita di Misericordia, con il compito di soccorrere gli infermi e seppellire i morti. Nel 1870 fu creato anche l'ospedale della Misericordia. Dal 1975 sono stati avviati il riordino dell'Archivio Storico e l'allestimento del Museo nell'antico edificio di Badia, residenza storica della Confraternita.

La collezione esposta nel Museo è costituita da attrezzi vari da ambulatorio e usati per l'assistenza a domicilio, databili alla fine dell'Ottocento, uniformi della Misericordia di Anghiari e quattro mezzi di trasporto per i malati (una lettiga a ruote a tiro del 1861, un piccolo carro-lettiga del 1909 detto "di volata" per il suo utilizzo nel pronto soccorso, un carro-lettiga a ruote per traino a mano, un'egroleva in ferro per sollevare dal letto gli ammalati).