Le origini della scuola si fanno risalire al 1630, quando fu fondato a Firenze il primo Istituto dei Padri Scolopi. L'istituto "Scuole Pie Fiorentine" occupa dal 1925 l'attuale sede ed è gestito dall'Ente Provinciale Toscano dei Padri Scolopi.

La scuola conserva una collezione di antichi strumenti di fisica (163 reperti) e una collezione naturalistica (195 reperti). La prima è costituita da strumenti di meccanica dei solidi e dei fluidi, acustica, ottica, termologia ed elettricità. La maggior parte degli strumenti risale al periodo compreso tra la metà dell'Ottocento e la prima metà del Novecento. La collezione naturalistica è composta da minerali, rocce, fossili, nonché animali imbalsamati, rettili sottovetro e insetti. Di particolare rilievo la raccolta ornitologica, costituita da circa 80 soggetti databili a partire dal secolo XIX; gli esemplari sono stati restaurati nel 2003 e ricollocati in vetrine secondo un moderno criterio espositivo. La collezione comprende inoltre modelli in legno di piante, modelli di crani umani e uno scheletro.