Le origini dell'Istituto risalgono al 1832, sotto il regno di Carlo Alberto di Savoia. Nel 1853 venne istituito a Torino un Deposito di Farmacia Militare, con annesso un Laboratorio Generale Chimico Farmaceutico. Dopo il primo conflitto mondiale, il Laboratorio fu trasferito a Firenze dove, nel 1931, con la denominazione di Istituto Chimico Farmaceutico Militare, iniziò la sua attività produttiva. Con lo scoppio della Seconda Guerra Mondiale cessò la produzione a causa del trasferimento forzato di tutti i macchinari verso la Germania. Finita la guerra, i macchinari furono riportati nella sede dell'Istituto e venne ripresa l'attività. Nel 1977 il nome dell'Istituto fu modificato in "Stabilimento Chimico Farmaceutico Militare". In tutta la sua vasta produzione, l'elisir di china è stato uno di preparati più noti, composto secondo la formula definitiva che compare nella farmacopea militare del 1877. A partire dal 1903 l'Istituto iniziò a produrre anche il chinino di Stato.

Tuttora in attività, lo stabilimento conserva arredi da farmacia e una collezione strumentaria medico-farmaceutica. Si tratta di apparecchiature analitiche del secolo XX (polarimetri, microscopi, spettroscopi, distillatori, bilance), macchine da produzione e materiale sanitario da mobilitazione (cassette di pronto soccorso e ferri chirurgici).

In biblioteca conserva, oltre a trattati e codici farmaceutici, un erbario anonimo dell'Ottocento in 21 volumi rilegati in cartoncino con circa 30.000 reperti in buono stato di conservazione.