Il Dipartimento si è costituito nel 1998, con l'unificazione del Dipartimento di Chimica Bioorganica e della Sezione di Tecnologie Farmaceutiche/Biofarmacia del Dipartimento di Scienze Farmaceutiche. È strutturato in due sezioni: Chimica Organica e Bioorganica e Tecnologie Farmaceutiche/Biofarmacia. Nella sede di quest'ultima è conservata la collezione di strumentazione farmaceutica, raccolta e allestita a partire dal 1998. Comprende strumenti per la ricerca in campo farmaceutico databili da fine Ottocento alla metà del Novecento. Si segnalano una macchina pastigliatrice, stufe, bilance, vetrerie, apparecchi per la determinazione del grado alcolico, stampi per ovuli e supposte, campioni alimentari e medicinali.