Nacque nel 1916 come Gabinetto di Topografia presso la Scuola di Applicazione degli Ingegneri. Nel 1930 divenne Istituto di Geodesia e Topografia e, nel 1975, come Istituto di Geodesia, Topografia e Fotogrammetria, fu accorpato alla Facoltà di Ingegneria. Nel 1997 confluì nel Dipartimento di Ingegneria Civile. Conserva 40 strumenti di topografia della seconda metà dell'Ottocento. Della collezione fanno parte anche due strumenti astronomici provenienti dall'Istituto di Astronomia di Pisa.