L'Arciconfraternita della Misericordia fu fondata intorno al 1240 con il compito di assistere i carcerati e gli infermi e seppellire i morti. Fin dai primi anni si distinse nella vita civile fiorentina e fu beneficiata da donazioni di magnati e Signori. Il Granduca Pietro Leopoldo, che fece parte dei "fratelli", la pose al riparo dalla soppressione delle compagnie religiose del 1784. Durante il secolo XIX l'Arciconfraternita fu particolarmente attiva nell'opera di profilassi antiepidemica. L'intervento della Misericordia è stato estremamente significativo durante i conflitti bellici e, soprattutto, durante le guerre mondiali.

Conserva una collezione di oggetti per l'assistenza sanitaria, che comprende attrezzature, prevalentemente medievali, utilizzate per il trasporto dei feriti e degli ammalati. Gli oggetti, attualmente conservati nel Cimitero dei Pinti, saranno esposti negli spazi in fase di riorganizzazione. Le quattro sale della biblioteca conservano circa 2.800 faldoni di documenti manoscritti.