Confiscata a Lorenzo di Piero Ridolfi nel secolo XVI da Francesco I de' Medici, che la assegnò a don Antonio de' Medici, figlio di Bianca Cappello, la villa fu ampliata su progetto di Bernardo Buontalenti. La villa, posta al centro di un vasto prato, è racchiusa da muri merlati che le conferiscono ancora oggi l'aspetto tradizionale della casa fortificata. Nella prima metà del secolo XVII, la villa con la fattoria annessa fu venduta alla famiglia Capponi, che mantenne intatto il suo aspetto originario.

Più volte Galileo Galilei fu ospite in questa villa, come si desume dalle lettere che gli scrissero Antonio de' Medici il 31 ottobre 1611 e il filosofo francese Marin Mersenne il 1 febbraio 1629.