Il nucleo principale della collezione di questa sala è costituito da vasi di farmacia dei secoli XVIII e XIX, decorati in maniera elegante e fantasiosa, provenienti dall'Ospedale di Santa Maria Nuova di Firenze. La sezione è inoltre arricchita dalla presenza di strumenti essenziali per lo svolgimento della ricerca e della pratica farmacologica fra il Rinascimento e il Settecento, come bottigliette, storte, mortai, recipienti vari e farmacie portatili. Queste ultime, indispensabili per i soccorsi d'urgenza, erano solitamente costituite da una cassetta contenente preparati farmaceutici ed alcuni essenziali strumenti chirurgici. È esposta inoltre una bilancia di precisione che faceva parte del Laboratorio chimico del Museo di Fisica e Storia Naturale. Completa la collezione la copia di una formella del Campanile di Giotto che rappresenta uno studio medico, con donne che portano la matula contenente l'urina da analizzare. Tutta la sezione di farmacia fu fortemente danneggiata durante l'alluvione dell'Arno del 1966, ma eccellenti restauri sono riusciti a recuperarla quasi completamente.