Il Museo, ubicato all'interno del convento di San Francesco, nacque come Museo Archeologico nel 1906 per raccogliere i reperti etruschi e romani rinvenuti durante gli scavi nell'area conventuale. Successivamente, si è arricchito con i reperti etnografici (abiti, strumenti musicali, prototipi di stampi da tipografia, statuette di giada, porcellane ed avori) raccolti dai missionari, principalmente in Cina e in Egitto. Oltre alle collezioni archeologiche, artistiche ed etnografiche, il Museo conserva alcuni uccelli impagliati.

All'esterno il convento mostra due meridiane con ore astronomiche, di cui una datata 1806. Sono entrambe integre e funzionanti.