Ai lavori su tavola realizzati a San Gimignano si aggiunsero una serie di opere commissionatagli il 21 aprile del 1466 dai priori del Comune per il Palazzo Comunale delle quali sopravvive un affresco con Cristo in croce adorato dai santi Girolamo e Francesco e il committente (probabilmente il podestà di San Gimignano), staccato e conservato presso il Museo d’Arte Sacra, e un secondo lavoro del tutto particolare nel suo genere: il restauro della Maestà eseguita da Lippo Memmi nel 1317 nella Sala del Consiglio, oggi denominata Sala di Dante. Questo affresco era considerato uno dei simboli della gloria civica locale ed aveva già subito delle trasformazioni da parte di un pittore senese nella seconda metà del Trecento che aveva esteso la scena con l’aggiunta di due coppie di santi. Il 16 dicembre del 1461 il Comune deliberò i lavori per l’apertura di due porte proprio sulla parete affrescata, per mettere in comunicazione la Sala dell’Udienza con la contigua aula della Cancelleria, e nel 1464 fu allogato a Benozzo il rifacimento di quelle parti rovinate dell’antica pittura e l’integrazione di alcune lacune. Il lavoro fu terminato solo nel 1467 come si legge nel margine inferiore destro della cornice: "BENOZIUS FLORENTINUS PICTOR RESTAURAVIT ANNO DOMINI MCCCCLXVII". L’intervento del pittore consistette principalmente nel reintegrare i nomi che accompagnavano le figure dei santi, nella ridipintura dei volti di Bartolo e Ludovico di Tolosa e dei piedi del Battista; l’artista effettuò, inoltre, una nuova doratura al trono della Vergine e ridipinse di azzurro il cielo.
Anche se si trattò prevalentemente di un intervento di restauro, quest’episodio segnò certamente la formazione dell’artista, come testimonia la Maestà con angeli e i santi patroni della città, che Benozzo cominciò ad affrescare nella Sala del Consiglio del Palazzo Comunale di Pistoia, e che rimase allo stato di sinopia per l’avvenuta morte del pittore, il 4 ottobre del 1497.