Le collezioni scientifiche progressivamente accumulate a Palazzo Pitti dai Medici vennero trasferite nel 1775, per iniziativa del Granduca Pietro Leopoldo, nel Regio Museo di Fisica e Storia Naturale. Grazie all'operosità del direttore del Museo, Felice Fontana, ed al lavoro competente di numerosi artigiani il Museo vide aumentare progressivamente il numero degli strumenti scientifici: dalle macchine per la dimostrazione delle leggi fondamentali della fisica, agli strumenti meteorologici, dalle macchine elettriche agli strumenti per la misurazione. Anche le collezioni naturalistiche presenti nella Galleria degli Uffizi furono trasferite nel Regio Museo. Esse costituirono il primo nucleo di un patrimonio di reperti che andrà sistematicamente ampliandosi nel corso del secolo XIX. Enorme fu anche l'impegno profuso da Fontana e dai suoi collaboratori nella costituzione di una raccolta di cere relative all'anatomia umana. Nel 1775, anno della fondazione, ben sei sale del Regio Museo erano già dedicate interamente all'anatomia in cera. Furono costruite anche tre statue anatomiche in legno, una delle quali, su ordine di Napoleone Bonaparte, venne spedita a Parigi nel 1806. Nel corso dell'Ottocento, le collezioni di strumenti, di reperti naturalistici e di anatomia in cera vennero sistematicamente inventariate e furono notevolmente ampliate con nuovi acquisti. Dopo l'Unità d'Italia le collezioni vennero smembrate e assegnate alle diverse facoltà dell'Istituto di Studi Superiori. Nel 1925 le collezioni scientifiche e naturalistiche passeranno all'Università di Firenze, che istituirà, nel 1927, l'Istituto e Museo di Storia della Scienza al quale conferirà l'antico patrimonio mediceo e lorenese di strumentaria fisico-matematica.